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琼脂由琼脂糖（Agarose）和琼脂果胶（Agaropectin）两部分组成，
作为胶凝剂的琼脂糖是不含硫酸酯（盐）的非离子型多糖，是形成凝胶的组分，其大分子链链节着1，3苷键交替相连的β-D-半乳糖残基和3,6-内醚-L-半乳糖残基 。而琼脂果胶是非凝胶部分，是带有硫酸酯（盐）、葡萄糖醛酸和丙酮酸醛的复杂多糖，也是商业提取中力图去掉的部分。商品琼脂一般带有2%―7%的硫酸酯（盐），0%―3%的丙酮酸醛及1%―3%的甲乙基。在工业上的琼脂 色泽由白到微黄，具有胶质感，无气味或有轻微的特征性气味，琼脂不溶于冷水，易溶于沸水，缓溶于热水。
琼脂系选用优质天然石花菜、江蓠菜（ Gracilaria）、紫菜（porphyra）等海藻为原料，采用科学方法精炼提纯的天然高分子多糖物质。含有多种元素，并具有清热解暑、开胃健脾之功能。
琼脂早已被美国食品药物管理条例列为公认安全的产品，获准作为食品添加剂作为专题载入食品化学品药典之中。
琼脂 为亲水性胶体，分有条状和粉末状，不溶于冷水，易溶于热水。琼脂在工业上具有独特的重要性，琼脂的浓度即使低至1%仍能形成相当稳定的凝胶（冻胶），是食品工业、化学工业、医学科研所必需之原料。
提炼琼脂的简单工艺流程如下：
（1）琼脂条：江蓠菜（或紫菜）→浸碱→洗涤→漂白→煮胶→过滤→推条→冷冻→脱水→烘干→成品→包装。
（2）琼脂粉：江蓠菜（或紫菜）→浸碱→洗涤→漂白→煮胶→过滤→压水→烘干→粉碎→成品→包装。
琼脂粉
琼脂粉是由琼脂糖（agarose）和琼脂果胶（agaropectin）组成的。琼脂粉不溶于冷水，易溶于沸水，缓溶于热水。琼脂粉默认使用PH为中性，一般为7左右，PH小于4则无法凝结。
琼脂糖是线性的多聚物，基本结构是1,3连结的β-D-半乳呋喃糖和1,4连结的3,6-脱水α-L-半乳呋喃糖。琼脂果胶是由许多更小的分子组成的异质混合物。它们的结构相似，但带硫酸根和羧基组分，凝胶能力差。简单地说，把琼脂中的琼脂果胶去掉，剩下的部分，就是琼脂糖。
在工业上的琼脂色泽由白到微黄，具有胶质感，无气味或有轻微的特征性气味，琼脂不溶于冷水，易溶于沸水，缓溶于热水。
琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到35-40℃时形成良好的半固体状的凝胶，这是它具有多种用途的主要特征和基础。琼脂糖凝胶性能通常用凝胶强度表示。强度越高，凝胶性能越好。质量较好的琼脂糖强度通常在1200克/cm2以上（1%胶浓度）。琼脂糖的凝胶性是由存在的氢键所致，凡是能破坏氢键的因素都能导致凝胶性的破坏。琼脂糖具有亲水性，并几乎完全不存在带电基团，对敏感的生物大分子极少引起变性和吸附，是理想的惰性载体。
在琼脂糖制备过程中需要把琼脂果胶尽量去除，否则琼脂糖有可能存在极微量硫酸根和丙酮酸取代电离基团，就会造成电内渗（EEO），电内渗对质点的移动产生影响。质量较好的琼脂糖硫酸根含量比较低，通常在0.2%以下，电内渗比较小，通常在0.13以下。所以价格来说，琼脂糖要比琼脂贵了很多。
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